헤이안 시대 말기에 섭관정치가 종식을 하고 원정에 기반을 둔 상황(上皇)이 정치를 주도하게 된다. 상황은 자신의 권력을 유지하기 위해 지방 무사집단을 기용한다. 그러나 그 과정에서 무사들이 급성장해 오히려 천황의 세력을 압도하고 스스로 집권하기에 이른다. 무사들의 집권과 함께 시작된 가마쿠라시대(鎌倉時代)는 무사적 분위기의 문화가 주를 이루게 된다.

무사들은 중국에서 입수된 선종을 받아들여 자신들의 종교적 정체성을 형성했다. 이때 가마쿠라 막부에 의해 세워진 선종 사찰이 교토의 겐닌지(建仁寺)인데 이곳을 중심으로 중국에서 유입된 다도, 꽃꽂이, 수묵화 등이 확산되기 시작했다.

한편 서민층 사이에서는 호넨, 신란 등과 같은 승려들에 의해 정토신앙이 대중화 됐다. 이 과정에서 헤이안 시대의 현세적이고 귀족주의였던 불교는 깊은 자기 반성을 전제로 한 구제종교로서 자리매김한다. 교토의 지온인(知恩院)이나 혼간지(本願寺), 로쿠하라미츠지(波羅蜜寺)는 이때 창건된 정토종 사찰로 지금까지도 정토신앙의 중심지이다.

몽고의 침입을 계기로 가마쿠라 막부가 무너지고 아시카가 다카우지가 장군직을 차지한 시기를 무로마치 시대(室町時代)라고 한다. 아시카가 사람들은 선종문화에 깊이 귀의해 덴류지(天龍寺)나 묘신지(妙心寺), 난젠지(南禅寺)와 같은 선종 사찰을 교토 구석구석에 건립하고 선승들에게 중국과의 외교를 맡긴다. 중국의 영향을 받은 선승들의 문화는 무사들에게도 확산되면서 다도, 꽃꽂이, 수묵화, 가레산스이 정원 등의 분야가 발전한다.

이때 만들어진 가레가스이 정원으로 유명한 곳이 료안지(龍安寺), 다이센인(大仙院) 등에 있는 정원이다. 아시카가 막부는 많은 예술가를 후원했는데 중국의 수묵화를 많이 소장했던 쇼코쿠지 같은 선종사찰은 일본의 초기 수묵화가들을 육성했다.

무로마치 막부(室町幕府)의 장군들은 자신들이 소유한 예술적 역량을 기울였다. '금빛 누각의 사찰'이라는 별칭으로 잘 알려진 킨카쿠지(金閣寺)와 히가시야마 문화의 꽃이라고 평가받는 긴카쿠지(銀閣寺)를 세웠다. 무로마치 막부는 15세기 초에 일어난 오닌의 난으로 무너진다. 이후 일본은 전국이 군웅들에 의해 분열된 시대에 돌입하는데 그 결과 교토 대부분이 초토화되고 많은 문화재가 소실됐다.

오랜 분열기를 지나 16세기에 통일의 조짐을 주도한 오다 노부나가는 패권을 장악하고 호화로운 아즈치성(安土城)을 세웠다. 내부는 화려한 금박을 입힌 장벽화로 장식했다. 금박과 화려한 진채색을 사용해 대담하고 호방한 분위기로 벽을 장식하는 장벽화가 유행했다. 노부나가의 사후에 그를 계승한 도요토미 히데요시(豐臣秀吉)의 시대에도 계속됐다.

모모야마 시대(桃山時代)의 화려하고 개성적인 아름다움은 다른 시대와 차별성을 보인다. 교토와 오사카를 중심으로 형성되기 시작한 상공업자들의 경제력이 황금 문화를 뒷받침하고 있다.

도쿠가와 이에야쓰(德川家康)는 히데요시의 아들 히데요리(秀賴)를 죽이고 에도막부(江戶幕府) 시대를 연다. 막부의 거점이 지금의 도쿄, 즉 에도에 있었으므로 이후 교토는 정치적 중심지로서의 기능을 잃어버린다. 일왕의 궁전 아래에 있는 니죠성(二条城)은 도쿠가와 막부의 교토 치소로 궁전 이상의 화려함과 위풍을 보여주는데 막부의 위압적인 분위기를 잘 전해주는 장소라고도 할 수 있다.

도쿠가와 막부의 엄격한 신분제 시행과 쇄국정책은 통제적이고 고립적인 사회분위기 속에서 일본 고유문화의 성장을 낳기도 했다. 음악과 무용, 기예가 어우러진 일본의 전통연극인 가부키(歌舞伎), 전통 무대예술로서 서민을 위한 성인용 인형극인 분라쿠(文樂), 일본 정형시의 일종인 하이쿠(俳句) 등이다.

에도시대의 천황은 정치에서 소외됐다. 왕실은 문화적 상징으로서의 기능만 남겨졌다. 왕족들은 교토의 외곽에 별궁을 짓고 은둔하며 독자적인 정원예술을 완성한다. 슈가쿠인 리큐, 가쓰라 리큐, 센토 고쇼 등이다.