앞서 유영민 전 과학기술정보통신부 장관 등 문재인 정부 장관 및 대통령비서실 인사비서관실 선임행정관 5명을 불구속 기소했다. 문재인 정부 '블랙리스트' 의혹 사건은 문 정부 시절 공공기관장 사퇴를 종용했다는 의혹을 받고 있는 사건이다.

검찰에 따르면 유 전 장관은 2017년 11월부터 이듬해 3월까지 과기부 산하기관 7곳 기관장에게 사직을 요구한 혐의를 받는다. 유 전 장관뿐만 아니라 백운규 전 산업통상자원부장관과 조명균 전 통일부 장관, 조현옥 전 인사수석비서관, 김봉준 전 인사비서관도 같은 혐의가 적용됐다.

지난 2022년 과기부 국정감사에서 홍 의원은 문 정부 '블랙리스트' 의혹과 관련해 이종호 과기부 장관에게 문제를 제기한 바가 있다. 문재인 정부 출범 직후 조무제 전 한국연구재단 이사장 , 박태현 전 한국과학창의재단이사장 등 과학기술계 연구기관장들이 잔여 임기를 채우지 못하고 사퇴했다 .

이들 중 하재주 전 한국원자력연구원장과 임기철 전 한국과학기술기획평가원장은 과기부가 사퇴 압력을 행사했다고 주장하는 상황이다. 임 원장은 지난 2018년 4월 임기를 남기고 사퇴하면서 과기부 차관에게 촛불 정권이 들어섰으니 물러나야 하는 것 아니냐'라는 말까지 들었다고 밝혔다 .

문 정부 '블랙리스트'의혹은 과기부 산하 기관장뿐만 아니라 과기부 및 산하기관의 1급 공무원에 대해서도 제기되고 있다. 문재인 정부 초기 퇴직한 1급 공무원 중 상당수가 지난 정부에서 임명됐다는 이유로 사퇴 압박을 받았다는 것이다. 홍 의원이 과기부로부터 제출받은 자료에 의하면 문재인 정부 초기 과기부 고위공무원 6명이 퇴직했다고 밝혔다. 퇴직한 사유는 명예퇴직을 포함하여 의원면직, 임기만료 등이다 .

홍 의원은 "만약 업무상 과실이 없었음에도 불구하고 정권이 바뀌었다는 이유만으로 사퇴를 종용했다면 이는 명백한 형사상 직권남용죄에 해당된다"고 지적했다.

그러면서 "이제는 법정에서 한 점 의혹 없는 실체적 진실규명이 돼야 한다"며 "사법부는 투명하고 공정한 재판을 통해 법적 책임을 져야 할 인사들에 대해서 엄중한 책임을 물어야 할 것"이라고 주장했다.