헌법재판소가 중앙선거관리위원회는 헌법상 독립기관이므로 대통령 직속인 감사원의 직무감찰 대상이 아니라는 결정을 내렸다. 

헌재는 27일 중앙선관위가 전·현직 고위직 자녀의 특혜채용 의혹에 대한 감사원의 감사에 반발해 제기한 권한쟁의심판 사건에서 "감사원은 선관위의 인력관리에 대한 직무감찰을 할 수 없다"고 판단하고 8인 전원일치 의견으로 권한쟁의를 인용했다.

권한 다툼에 대해 헌법재판소가 어디까지가, 어느 기관의 권한인지 가리는 소송이다.

재판부는 "감사원의 권한은 행정부 내부의 통제장치 성격을 가지고 있는 바, 정부와 독립된 헌법 기관인 국회·선관위 등은 포함되지 않는다"며 "감사원이 실시한 선관위에 대한 직무감찰은 헌법 및 선거관리위원회법에 의해 부여받은 선관위의 독립적인 업무 수행을 침해한 것"이라고 주문했다.

재판부는 "대통령 소속인 감사원의 직무감찰을 허용하는 것은 선거관리에 대통령 등 행정부의 영향력을 제도적으로 차단하고자 한 헌법개정권자의 의사에 반하는 것"이라고 밝혔다.

또 "대통령은 감사원장과 감사위원을 임명하고 있다"며 "대통령 소속기관인 감사원이 선관위에 대해 직무감찰을 할 수 있게 된다면 선거관리의 공정성과 중립성에 대한 국민의 신뢰가 훼손될 위험도 있다"고 결정 이유를 설명했다. 

그러면서 "행정부의 부당한 선거 간섭을 배제해 선거의 공정성을 확보하기 위해선 선관위가 선거사무 자체는 물론 이를 수행하는 데 필수적인 인사 조직·운영 사무를 독립적으로 수행할 수 있어야 한다"고 했다.

앞서 2023년 5월 10일 김세환 전 선관위 사무총장과 송봉섭 전 선관위 사무차장 자녀의 경력 채용 관련 특혜 의혹이 불거지면서 시작됐다. 

이같은 의혹이 제기되자 선관위는 5급 이상 공무원 자녀의 경력경쟁채용에 관한 자체감사를 실시하고, 사무총장 등 4명에 대하여 경찰청에 수사를 의뢰와 함께 재발 방지 개선안을 마련하겠다고 발표했다.

그러나 같은 날 감사원이 경찰 수사와 별도로 선관위 고위직 자녀의 특혜 채용 의혹에 대한 감사에 착수하겠다고 밝혔다. 

이에 선관위는 이미 일련의 조치를 취했다며 총선을 앞둔 당시 상황에서 감사를 수용하기 어렵다는 입장을 밝혔지만 감사원은 감사 거부 및 방해 행위에 대해 고발할 것이라 맞섰다.

결국 감사원은 2023년 5월 약 2주간 선관위에 대한 특별감사를 실시했다.

이후 선관위는 특혜 채용 의혹에 관한 감사를 수용하되, 감사원 감사 범위를 명확히 할 필요가 있다며 지난해 7월 28일 헌재에 권한쟁의심판을 청구했다.